The Caves (Les Grottes) sont le deuxième environnement que le joueur visite.
Il ressemble à une grotte en pierre marron.
Cet environnement introduit les spikes (pointes) et les pits (puits, fosses). Le joueur ne peux pas passer au dessus des puits sans l'objet The Ladder (l'échelle), qui lui donne le pouvoir de voler, ou d'exploser un bloc de roche adjacent pour faire un "pont". Les pointes vont endomager le joueur si il passe par dessus.
Aussi, les barrels (barils) sont seulement présents dans cet environnement. Ceux-ci explosent quand le joueur (ou un monstre) lui tire dessus.
Monstres
- Boom Fly
- Charger
- Clot
- Clotty
- Fly (Red)
- Gusher
- Hopper
- Host
- Hive
- Maws
- Maggot
- Moters
- Spity
- Sucker
- Knight (Très rare)
- Leaper (Très rare)
- Mr Maw (Très rare)
Boss
Boss des Salles Normales
- Blastocyst (Seulement l'embryon)
- Fistula (Plusieurs petites et moyennes formes dans la même salle)
- Larry Junior
Boss
- Fistula
- Gurdy
- Peep
- Chub
- C.H.A.D. (A débloquer)
- Pestilence (A débloquer)
- The Headless Horseman (A débloquer)